Illumina公司开发的HiSeq 2500高通量测序平台，拥有高通量运行和快速运行两种模式，提供多种读长选择，也可使用一个或两个流动槽，使之成为一个灵活且可扩展的平台。高产量模式沿用HiSeq 2000的运行方式，单次运行可以产出600G，特别适合样品量较多，或需要最深度覆盖的应用。快速运行模式最多能在一天之内产生100G左右的数据量，还能提供2×150 bp的读长，有助于改善de novo应用的组装效果。
平台概况
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高通量运行模式* |
快速运行模式* |
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读长 |
双流动槽（仅适用于HiSeq 2500） |
单流动槽（HiSeq 1500或2500） |
双流动槽运行时间 |
双流动槽（仅适用于HiSeq 2500） |
单流动槽（HiSeq 1500或2500） |
双流动槽运行时间 |
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1×36 |
95-105 Gb |
47-52 Gb |
2天 |
18-22 Gb |
9-11 Gb |
7小时 |
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2×50 |
270-300 Gb |
135-150 Gb |
5.5天 |
50-60 Gb |
25-30 Gb |
16小时 |
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2×100 |
540-600 Gb |
270-300 Gb |
11天 |
100-120 Gb |
50-60 Gb |
27小时 |
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2×150 |
N/A |
N/A |
N/A |
150-180 Gb |
75-90 Gb |
40小时 |
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通过过滤的读取 |
最多30亿个单端读取或60亿个末端配对读取 |
最多15亿个单端读取或30亿个末端配对读取 |
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最多6亿个单端读取或12亿个末端配对读取 |
最多3亿个单端读取或6亿个末端配对读取 |
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质量 |
在2 x 50时，≥ 85%的碱基高于Q30 在2 x 100时，≥80%的碱基高于Q30 |
在2 x 50时，≥85%的碱基高于Q30 在2 x 100时，≥80%的碱基高于Q30 在2 x 150时，≥75%的碱基高于Q30 |
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应用：基因组de novo测序、 基因组重测序、 转录组测序、 小RNA测序、ChIP-Seq测序、甲基化测序 |
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