基因组de novo测序也叫基因组从头测序，是指不依赖于任何已知基因组序列信息或近缘物种序列信息对某个物种的基因组进行序列测定，然后运用生物信息学方法对测序序列进行拼接，组装和注释，最终获得该物种基因组序列图谱。通过基因组测序不仅可以获得该物种的全基因组序列图谱，而且对该物种新基因的发现、物种改良等方面将发挥巨大作用。
技术路线
技术参数
服务名称
测序策略
推荐数据量
项目周期
基因组de novo测序
Hiseq PE150
100X-200X基因组测序深度
12-15个月
样品要求
1. 样品类型：单倍体、纯合二倍体或杂合率低于0.5%的基因组DNA样品；
2. 样品需求量：小片段文库≥1 µg；2 Kb~6 Kb大片段文库≥10 µg；10 Kb及以上大片段文库≥30 µg；完成全基因组测序样品DNA量需求约为5mg~50mg；
3. 样品浓度：小片段文库≥50 ng/µl，大片段文库≥100ng/µl；
4. 样品纯度：OD260/280=1.8~2.0；无蛋白质、RNA污染或肉眼可见杂质污染；
5. 样品质量：基因组DNA完整。如需建立≥5 Kb的插入片段文库，要求琼脂糖电泳（推荐用0.6%凝胶，选用λ-HindIII digest或其它具有20Kb以上条带的ladder，80-120V电泳40-60min）结果，基因组DNA主带应在λ-HindIII digest最大条带23Kb以上，若有脉冲场电泳结果，则DNA主带应在40 Kb以上；若提供组织样品，则植物样本需为无菌黄化苗、组培样品或嫩叶；动物样本为肌肉、血液等脂肪含量较少的组织。尽量选择同一个体取样，以减少个体差异性对后续拼接的影响。如果动物样本的性别决定模式是XY型，则尽量选择雌性个体（XX型），如果是ZW型，则尽量选择雄性个体（ZZ型）。
