我国西瓜总生产面积达150万hm2，面积、产量和销量均居世界第一（FAOSTAT）。但是，长期的人工选择和驯化也带来许多问题，最突出的是育种材料遗传多样性狭窄，从而导致品种同质化严重，培育突破性新品种日益困难。湖北省农业科学院经济作物研究所使用基诺赛克 SNP-Panel®（高通量SNP分型）技术，对64 份西瓜自交系材料进行遗传背景鉴定，发表题目为“基于SNP 标记的西瓜种质资源遗传多样性分析”文章，解析西瓜遗传多样性和群体结构，为西瓜杂交育种的亲本选配和资源利用提供理论依据。
图1 西瓜SNP-Panel®中SNP位点在染色体上的分布
全基因组分子标记SNP-Panel®检测可用于西瓜种质资源创制、杂交育种的亲本选择和培育优异、适应性强的西瓜新品种。
图2 64份普通栽培西瓜群体结构分析
根据SNP-Panel®的基因型数据进行群体结构分析的结果表明，亚群的划分与材料来源无显著相关性（P=0.339）。
图3 64份西瓜自交系材料主成分分析
对64份西瓜材料进行主成分分析显示，PCA分析与群体结构分析结果的一致性较好，其中G3亚群的材料不能完全区分，部分散落在G1和G4亚群中，但G1、G2和G4亚群之间可以完全区分开。
图4 64份西瓜材料的UPGMA 聚类（A）和系统发育树（B）
64份材料之间的遗传距离在0.000~0.393之间，平均0.175。根据遗传距离构建UPGMA 聚类树，64份材料被划分为7类。基于遗传距离的UPGMA聚类和基于SNP的系统发育树一致性较好。
图5 4个亚群的首雌花节位、坐果节位和果皮厚度性状分布和统计
利用单因素方差分析和多重比较检测不同亚群部分农艺性状的差异，包括首雌花节位、坐果节位、果皮厚度、中心可溶性固形物含量和种子千粒重。结果表明，4个亚群的中心可溶性固形物含量和种子千粒重没有显著性差异，但在首雌花节位、坐果节位和果皮厚度上存在显著差异。
遗传多样性丰富的种质资源是创造优异新品种的基础。西瓜作为外来引入物种，早期育种可用的资源并不多，导致现有大部分西瓜品种遗传背景狭窄，差异化程度低。分子标记技术是鉴定和评价西瓜种质资源遗传多样性的有效手段，对于挖掘和利用优异西瓜种质、拓宽育种材料遗传背景和提高育种效率有重要意义。
